Dass die Kirchensteuer zu den Sonderausgaben zählt, verschafft ihr eine Sonderstellung unter den Steuerarten und hat Folgen, wenn das Finanzamt in einem Jahr mehr Kirchensteuern erstattet als gezahlt werden. Dieser Erstattungsüberhang ist eine negative Sonderausgabe, erhöht also das steuerpflichtige Einkommen. Der Bundesfinanzhof hat dazu festgestellt, dass der Erstattungsüberhang nicht dem Verlustausgleich unterliegt und folglich nicht mit einem Verlustvortrag verrechnet werden kann. Das kann dazu führen, dass Einkommensteuer anfällt, obwohl alle Einkünfte durch Verlustvorträge ausgeglichen wurden. Die Besteuerung des Erstattungsüberhangs erfolgt selbst dann, wenn sich die erstattete Kirchensteuer im Jahr der Zahlung nicht steuermindernd ausgewirkt hat.
Anders sieht es bei Kirchensteuer auf Kapitalerträge aus, denn bei der Abgeltungsteuer wird bereits ein fiktiver Sonderausgabenabzug berücksichtigt, wenn Kirchensteuer erhoben wird. Daher ist die Kirchensteuer auf Kapitalerträge nicht als Sonderausgabe abziehbar. Umgekehrt ist aber auch ein Erstattungsüberhang nicht steuererhöhend zu erfassen, wie das Finanzgericht Niedersachsen klargestellt hat.