Anteilsverfahren beim Lohnsteuerabzug: Mit dem optionalen Anteilsverfahren wurde ein zentraler Punkt des Gesetzes komplett gestrichen. Beim Anteilsverfahren hätten Ehepaare mit unterschiedlich hohem Einkommen wahlweise den Lohnsteuerabzug statt nach den Steuerklassen III und IV auch entsprechend ihres jeweiligen Anteils am gemeinsamen Einkommen vornehmen lassen können. Das Vorhaben wurde jedoch nicht komplett aufgegeben, man prüft nun allerdings erst andere Alternativen, zum Beispiel ein Durchschnittssteuersatzverfahren.
Berücksichtigung von Versorgungsleistungen: Bei der Vermögensübergabe gegen Versorgungsleistungen hat der Bundestag nachgebessert. Die Einschränkungen der Steuervorteile fallen jetzt wesentlich geringer aus. Insbesondere die verfassungsrechtlich bedenkliche Befristung des Sonderausgabenabzugs bis Ende 2012 für Vermögensübergaben, die nach neuem Recht nicht mehr anerkannt werden, ist entfallen. Jetzt darf jede vor dem 1. Januar 2008 vereinbarte Vermögensübergabe zeitlich unbefristet steuerlich geltend gemacht werden. Dafür gilt jetzt eine andere Einschränkung: Wenn die Erträge des übertragenen Vermögens die Versorgungsleistung nicht decken, dann entfällt die steuerliche Anerkennung bereits ab 2008, und unabhängig davon, wann die Vermögensübergabe vereinbart wurde.
Vermögensübergabe von GmbH-Beteiligungen: Auch in einem anderen Punkt wurde bei der Vermögensübergabe gegen Versorgungsleistung nachgebessert: Nicht mehr nur Einzelunternehmen und Anteile an Personengesellschaften können weiterhin begünstigt übertragen werden, sondern auch GmbH-Anteile. Voraussetzung ist allerdings, dass der Geber als Gesellschafter-Geschäftsführer eine Beteiligung von mindestens 50 % überträgt und der Übernehmer seinerseits selbst Geschäftsführer wird.
Steuergestaltungen: Immer abenteuerlichere Formen nimmt die Änderung des § 42 der Abgabenordnung zum Missbrauch von Gestaltungsmöglichkeiten an. Die jetzt gewählte Formulierung lautet: "Ein Missbrauch liegt vor, wenn eine unangemessene Gestaltung gewählt wird, die [...] zu einem gesetzlich nicht vorgesehenen Steuervorteil führt. Dies gilt nicht, wenn der Steuerpflichtige für die gewählte Gestaltung außersteuerliche Gründe nachweist, die nach dem Gesamtbild der Verhältnisse beachtlich sind." Fragt sich natürlich, ob der Gesetzgeber nun zu jedem Steuergesetz die zulässigen Gestaltungsempfehlungen nachliefern muss, um den "gesetzlich vorgesehenen Steuervorteil" zu definieren. In dieser Form ist die Neufassung ein einziger Abgrund an Schwammigkeit. Außerdem hat der Bundesfinanzhof nun dem Bundesverfassungsgericht auch noch eine Vorschrift des Einkommensteuergesetzes zur Prüfung vorgelegt, von deren Verfassungswidrigkeit er überzeugt ist. Dort ist von "steuerlichen Vorteilen" die Rede, ohne dass dieser Begriff dort oder sonst irgendwo im Gesetz definiert wäre. Schließt sich das Bundesverfassungsgericht dem Bundesfinanzhof an, dann wäre die Argumentation der Finanzverwaltung mit einem "gesetzlich nicht vorgesehenen Steuervorteil" erst recht verfassungswidrig.
Unternehmenssteuerreform 2008: Auch Korrekturen an der Unternehmenssteuerreform 2008 wurden in das Jahressteuergesetz 2008 aufgenommen. Die gewerbesteuerliche Hinzurechnung von Finanzierungsanteilen aus Miet- und Pachtzinsen für die Benutzung von unbeweglichen Wirtschaftsgütern des Anlagevermögens wurde von 75 % auf 65 % verringert. Weitere Änderungen betreffen die Abgeltungssteuer bei sogenannten Back-to-back-Finanzierungen und den Werbungskostenabzug beim Erwerb von Kapitalgesellschaftsanteilen.
Lohnsteuerjahresausgleich: Ursprünglich sollte mit dem Jahressteuergesetz 2008 der Lohnsteuerjahresausgleich gestrichen werden. Dieser Punkt wurde nun aus dem Gesetz gestrichen.
Kinderbetreuungskosten: Für Kinderbetreuungskosten müssen künftig keine Papierbelege mehr automatisch beim Finanzamt eingereicht werden. Sie müssen die Belege nur noch für Nachfragen der Finanzbeamten aufheben, bis die Veranlagung abgeschlossen ist.