Anrechnung ausländischer Quellensteuer: Die Per-Country-Limitation bei der Anrechnung ausländischer Quellensteuer, auch der fiktiven Quellensteuer, greift bei der Abgeltungsteuer nicht; die Anrechnung kann die deutsche Steuer bis auf maximal 0 Euro reduzieren, eine Erstattung ist aber nicht möglich. Außerdem ist die ausländische Steuer nur bis zu einer Höhe von maximal 25 % auf die deutsche Abgeltungsteuer anrechenbar. Die bisherige Anrechnungsregelung gilt nur noch für Kapitalerträge, die nicht der Abgeltungsteuer unterliegen.
Anteilstausch: Beim Tausch von Anteilen an Körperschaften außerhalb der EU/EWR (z. B. Rückzahlung einer Aktienanleihe in Aktien) sollen die Anschaffungskosten der gegebenen Anteile als Anschaffungskosten der erhaltenen Anteile gelten - allerdings nur dann, wenn das Besteuerungsrecht des deutschen Fiskus nicht eingeschränkt ist. Mit dieser Regelung soll die Abgeltungsteuer für Steuerpflichtige und Banken praktikabler werden.
Dachfonds: Die Ausweitung der Abgeltungsteuer auf Dachfonds, die nach entsprechenden Berichten in der Tagespresse im Raum stand, ist nicht im Gesetzesentwurf enthalten.
Finanzinnovationen: Als Reaktion auf die jüngste Rechtsprechung des Bundesfinanzhofs zu Finanzinnovationen sollen bestimmte Kapitalanlageprodukte (Reverse Floater, Down-Rating-Anleihen, Garantiezertifikate etc.) ab 2009 generell als Finanzinnovationen gelten. Damit unterliegt stets die Differenz zwischen Erlös und Anschaffungskosten (Gewinn oder Verlust) der Abgeltungsteuer, und zwar unabhängig vom Erwerbszeitpunkt.
Private Veräußerungsgeschäfte: Beim Verkauf von Wirtschaftsgütern, aus deren Nutzung Einkünfte erzielt wurden, sollen grundsätzlich die geltend gemachten Abschreibungen gewinnerhöhend hinzugerechnet werden. Bisher galt dies nur für Einkünfte aus nichtselbstständiger Arbeit, Kapitalvermögen und Vermietung und Verpachtung. Durch die Änderung werden nun auch die sonstigen Einkünfte erfasst, zum Beispiel aus der Vermietung beweglicher Wirtschaftsgüter.
Ausschüttungsgleiche Erträge: Das Gesetz erweitert und präzisiert die Definition der ausschüttungsgleichen Erträge von Investmentfonds, die zwar thesauriert werden, aber trotzdem als dem Anleger zugeflossen gelten und damit zu versteuern sind.
Quellensteuersatz für ausländische Körperschaften: Der Quellensteuersatz für Kapitalerträge ausländischer Körperschaften, Personenvereinigungen und Vermögensmassen wird im Wege einer Erstattung durch das Bundeszentralamt für Steuern auf 15 % herabgesetzt. Dies ist jedoch an die Vorlage einer Ansässigkeitsbescheinigung und Missbrauchsvorschriften geknüpft.
Umschichtung bei Riester- und Rürup-Renten: Eine Umschichtung zwischen verschiedenen Investmentvermögen innerhalb eines laufenden Riester- oder Rürup-Rentenvertrags würde zu einem steuerpflichtigen Gewinn aus der Rückgabe der Investmentanteile führen. Daher werden solche Gewinne ausdrücklich von der Steuerpflicht ausgenommen, sodass es bei der nachgelagerten Versteuerung des Altersvorsorgeprodukts bleibt.
Periodengerechte Abgrenzung: Ein Fonds muss die Emissionsrendite einer sonstigen Kapitalforderung periodengerecht abgrenzen und den Erträgen des Investmentanteils zuordnen.
Anrechnung ausländischer Steuern: Ohne eine Änderung wäre die Anrechnung der von Fonds gezahlten ausländischen Steuern ausschließlich beim Anleger im Rahmen der Veranlagung möglich. Zur Vereinfachung sollen die Fonds die ausländische Steuer schon beim Steuerabzug im Rahmen der Abgeltungsteuer anrechnen. Diese direkte Anrechnung wird auch für die einzubehaltende Kapitalertragsteuer übernommen. Die Kapitalertragsteueranmeldung müssen Investmentgesellschaften dann ab 2010 elektronisch abgeben.
Altverluste aus Stillhaltergeschäften: Da ab 2009 auch Einnahmen aus Stillhaltergeschäften zu den Einkünften aus Kapitalvermögen zählen, würden sich vor 2009 aufgelaufene Altverluste steuerlich nicht mehr auswirken. Eine Übergangsregelung ermöglicht deswegen für fünf Jahre die Verrechnung der Altverluste mit neuen Einnahmen aus Stillhaltergeschäften.
Familienstiftungen: Die Hinzurechnung des Einkommens einer Familienstiftung in einem EU- oder EWR-Land zum Einkommen des Steuerpflichtigen unterbleibt, wenn das Stiftungsvermögen dem Zugriff des Steuerpflichtigen rechtlich und tatsächlich entzogen ist und das Land, in dem die Stiftung ihren Sitz hat, per Amtshilfe die notwendigen Auskünfte erteilt.
Ausnahmen vom Steuerabzug: Während die Kapitalertragsteuer nur Vorauszahlungscharakter hat, soll die Abgeltungsteuer im Wesentlichen abschließend besteuern. Da dies zu Problemen und Mehraufwand führen kann, wenn die Kapitalerträge bei Gewinneinkünften zufließen, wird die Ausnahmeregelung für Körperschaften auf Antrag auf die Gewinneinkünfte und beschränkt Steuerpflichtige erweitert.
REITs (Real Estate Investment Trusts): Die umfassenden Anpassungen des REIT-Gesetzes im Referentenentwurf sind im Regierungsentwurf ersatzlos weggefallen. Inwieweit nun in einem separaten Gesetz eine Abstimmung der REITs auf die ab 2009 geltende Abgeltungssteuer erfolgt, ist noch unklar.
Fondsbeteiligung an REITs: Durch Änderungen im Investmentsteuergesetz wird die Beteiligung eines Investmentvermögens (Fonds) an einem REIT der Beteiligung durch einen Direktanleger gleichgestellt, womit die REIT-Erträge auch bei einer indirekten Beteiligung über Fonds voll steuerpflichtig wären.