Das Jahressteuergesetz enthält eine Vielzahl von umfangreichen Änderungen, die teilweise nur redaktioneller Art sind, teilweise aber auch gravierende Neuerungen beinhalten. Der überwiegende Teil der Änderungen gilt erstmals ab dem 1. Januar 2007, einige Punkte aber auch rückwirkend für 2006 oder ab dem Datum des Inkrafttretens.
Basisrente: Zusätzliche Beitragszahlungen für eine Basisrente erhöhen für viele Steuerzahler die als Sonderausgaben zu berücksichtigenden Beträge. Dazu zählen unter anderem ledige Selbstständige, die nicht in einer berufsständischen Versorgungseinrichtung pflichtversichert sind. In der neuen Form wirken sich die Beiträge grundsätzlich mit dem jeweiligen Prozentsatz (62 % für 2006) und bis zum Höchstbetrag steuermindernd aus. Das Finanzamt prüft, ob das alte Recht oder der Erhöhungsbetrag günstiger für den Steuerzahler ist. Die Änderung gilt rückwirkend ab dem 1. Januar 2006.
Bilanzkorrektur: Eine Ergänzung im Einkommensteuergesetz hält fest, dass eine Bilanzberichtigung nur dann zulässig ist, wenn die darauf aufsetzende Steuerfestsetzung noch abgeändert werden kann.
Doppelbesteuerungsabkommen: Eine generelle Freistellung von Einkünften aufgrund von Doppelbesteuerungsabkommen wird dann ausgeschlossen, wenn die Einkünfte im anderen Staat nicht besteuert werden.
Gebührenpflicht: Für verbindliche Auskünfte der Finanzverwaltung wird nun eine allgemeine Gebührenpflicht eingeführt. Die Gebühren berechnen sich nach dem Gegenstandswert, der bereits im Antrag anzugeben ist und mindestens 5.000 Euro beträgt. Soweit kein Gegenstandswert ermittelbar ist, ist eine Zeitgebühr zu erheben (50 Euro pro angefangene halbe Stunde, mindestens jedoch 100 Euro). Normale Auskünfte bleiben nach wie vor kostenfrei. Die Regelung tritt am Tag nach Verkündung des Gesetzes in Kraft. Auch für die Erteilung verbindlicher Vorabzusagen der Finanzbehörden über Verrechnungspreise kommt eine Gebührenpflicht.
Gewerbesteuerlicher Verlustabzug: Die Verwaltungsauffassung zum Verlustvortrag, nämlich dass der allgemeine Gewinnverteilungsschlüssel Maßstab für die Ermittlung eines dem einzelnen Mitunternehmer zuzurechnenden Verlustvortrags ist, wurde nun - im Widerspruch zur Rechtsprechung - gesetzlich verankert.
Insolvenz: Ursprünglich forderte die Finanzverwaltung eine bevorrechtigte Stellung für Steuerschulden, die im vorläufigen Insolvenzverfahren von einem vorläufigen Insolvenzverwalter begründet wurden. Diese Absicht ist nicht mehr im Gesetz enthalten und soll 2007 weiter verfolgt werden.
Lohnsteueranmeldung: Ab 2007 darf die einbehaltene und die vom Arbeitgeber übernommene pauschalierte Lohnsteuer nicht mehr wie bisher in einem Betrag angemeldet werden, sondern ist in zwei getrennten Summen anzumelden.
Masseneinsprüche: Eine weitere Änderung der Abgabenordnung ermöglicht es der Finanzverwaltung, Anträge und Einsprüche, die sich auf Verfahren vor dem EuGH, BVerfG und BFH beziehen, durch eine Allgemeinverfügung zu erledigen. Die Verfügung wird im Bundessteuerblatt und auf den Internetseiten des Bundesfinanzministeriums veröffentlicht. Wird ein Teil des Einspruchs durch eine Allgemeinverfügung zurückgewiesen, muss das Finanzamt nur noch über den Rest des Einspruchs entscheiden. Für den durch Allgemeinverfügung erledigten Einspruch oder Teileinspruch gilt eine auf ein Jahr verlängerte Klagefrist.
Sachzuwendungen: Die Besteuerung des Empfängers kann einheitlich für alle Sachzuwendungen im jeweiligen Wirtschaftsjahr dadurch abgegolten werden, dass der Zuwendende pauschal 30 % (geplant waren ursprünglich 45 %) seiner Aufwendungen einschließlich der Umsatzsteuer als Steuer abführt, die als Lohnsteuer gilt. Voraussetzung ist, dass die Aufwendungen je Empfänger und Wirtschaftsjahr nicht 10.000 Euro übersteigen und dass die Zuwendung nicht über andere gesetzliche Sondertatbestände erfasst ist (zum Beispiel private Nutzung betrieblicher Pkw, Personalrabatte etc.).
Scheckzahlungen: Zahlungen per Scheck sind für die Finanzbehörden aufwendig und entsprechend unbeliebt. Durch eine Änderung der Abgabenordnung sollen Scheckzahlungen weiter reduziert werden. Eingehende Schecks gelten nunmehr erst drei Tage nach dem Tag des Eingangs als entrichtet, und zwar bei Schecks, die nach dem 31. Dezember 2006 eingehen.
Steuerstundungsmodelle: Schon für den Veranlagungszeitraum 2006 wird die eingeschränkte Verlustberücksichtigung bei Steuerstundungsmodellen auf alle Einkünfte aus Kapitalvermögen ausgedehnt. Während die Banken, die die davon betroffenen Fonds anbieten, auf die Barrikaden gehen, ist das Bundesfinanzministerium von der Verfassungsmäßigkeit überzeugt, da Investitionen, die allein der Steuervermeidung dienten, keinen Vertrauensschutz genießen würden.
Teileinspruchsentscheidung: Die Finanzbehörden können zukünftig in einer Einspruchsentscheidung zunächst auch nur über einen Teil des Einspruchs entscheiden. Ob die Finanzbehörde davon Gebrauch macht, liegt in ihrem Ermessen. Sie muss dann außerdem angeben, hinsichtlich welcher Teile keine Bestandskraft eintreten soll.
Verdeckte Gewinnausschüttungen: Änderungen im Einkommensteuer- und Körperschaftsteuergesetz stellen die steuerliche Berücksichtigung verdeckter Gewinnausschüttungen in Steuer- und Feststellungsbescheiden der Gesellschafter oder ihnen nahe stehender Personen sicher, falls wegen dieser ein Steuerbescheid der Körperschaft erlassen, aufgehoben oder geändert wird. Auch die Berücksichtigung verdeckter Einlagen wurde erweitert. Diese Regelung gilt ab dem Tag der Verkündung des Jahressteuergesetzes 2007.
Verlustfeststellung: Bei der Feststellung des Verlustvortrags wird die Verjährungsfrist im Einkommen- und Gewerbesteuerrecht auf maximal sieben Jahre festgelegt. Außerdem wurde eine gesetzliche Grundlage für die bisherige Verwaltungsauffassung geschaffen, dass für Verluste aus privaten Veräußerungsgeschäften weiterhin ein gesondertes Feststellungsverfahren durchzuführen ist. Der Bundesfinanzhof hatte hier gegen die Finanzverwaltung entschieden.